Τροφική αλλεργία είναι η αναπάντεχη και μη κανονική ανοσολογική αντίδραση του οργανισμού εναντίον ενός τμήματος μίας τροφής (συνήθως πρωτεΐνη).

Η πρωτεΐνη αυτή αποτελεί το αλλεργιογόνο.

Από τη στιγμή που το ανοσολογικό σύστημα «αποφασίσει» ότι μία συγκεκριμένη τροφή είναι «επικίνδυνη» για τον οργανισμό, παράγει ειδικά αντισώματα εναντίον της ώστε να την εξουδετερώσει.

Τι συμβαίνει στην τροφική αλλεργία, Γίνεται λήψη της τροφής, η τροφή φτάνει στο στομάχι και το λεπτό έντερο όπου διασπάται, με ατελή πέψη των πρωτεϊνών. Οι ακέραιες πρωτεΐνες περνούν από το τοίχωμα του εντέρου και απορροφούνται στην κυκλοφορία. Το ανοσολογικό σύστημα τις αντιλαμβάνεται ως επιβλαβείς και παράγει αντισώματα εναντίον τους για να τις απομακρύνει.

Οι αλλεργικοί παράγουν αντισώματα τύπου IgE εναντίον αυτών των πρωτεϊνών. Οι πρωτεΐνες αυτές λέγονται αλλεργιογόνα. Οι IgE συνδέονται στην επιφάνεια μαστοκυττάρων και βασεοφίλων και είναι έτοιμες να αντιδράσουν σε επόμενη έκθεση στο αλλεργιογόνο.