Ο Δρ. Εμμανουήλ Βαγιάκης έχει σημαντικό επιστημονικό και ερευνητικό έργο με ειδική θεματολογία , σχετική με την ιατρική του ύπνου που περιλαμβάνει:

1. Δημοσιεύσεις εργασιών σχετικές με την ιατρική του ύπνου σε Διεθνή και Ελληνικά περιοδικά
2. Ανακοινώσεις σχετικές με την ιατρική του ύπνου σε διεθνή και ελληνικά συνέδρια
3. Ομιλίες σχετικές με την ιατρική του ύπνου και προεδρείο σε συνέδρια. 
4. Έχει συγγράψει  κεφάλαια σχετικά με την ιατρική του ύπνου σε βιβλία εκ των οποίων τα 4 είναι σε συγγράμματα εδρών της Ιατρικής   Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών.
5. Συχνές παρεμβάσεις στα μέσα μαζικής ενημέρωσης σχετικά με την ιατρική του ύπνου και την υπνική άπνοια